横から失礼します。
私の環境(v2.2)でもDP工房さんが書かれた通りの設定で上つめ/下つめの変更が出来る
ことを確認しました。
ハズしているかもしれませんがTCVさんの質問が、その設定を「SRTファイルに保存
する方法」だとするとそれは出来ないと思います。
(SUPファイルやidx+subファイルであれば「上つめ」で保存できます)
どうしても「上つめ」を「SRTファイルに保存するしたい」のであれば「改行で無理やり」
やるしかないと思います。その際何も文字がない行は削除されてしまう事がありますが
「全角」のスペース(空白文字)をダミーで入れることで回避できると思います。
(半角のスペースではダメです。念のため…)
ハズしているかもしれませんが、参考にして下さい。