Subtitle Workshop自体は最終的に文字の字幕ファイルしか生成しないので、正しいmpeg動画ファイルが生成されているにもかかわらず、Subtitle Workshop上で動画ファイルがさかさまに表示されているのであれば、最終結果には関係ありませんので、気にせずに作業を進められてはいかがでしょうか?
もっともDVDレコーダーで生成された動画のオリジナルのファイルがさかさまだとすると問題ですが....
それでも気になるようでしたら、現在パソコンにインストールされているmpegを再生するコーデックが、Subtitle Workshopと合わないのかもしれないので、開発元のURU Softで配布しているコーデックに入れ替えるとか、あるいは別の字幕作成ソフト(Visual Sub SyncとかSubstation Alphaなど)を使い、Subtitle workshopは、字幕形式の変換のみに使うという手段もあると思います。
またmpeg2ファイルは容量が大きく重いので、一旦TMpeg Encなどのソフトを使いmpeg2ファイルはmpeg1ファイルに変換したほうが使いよいような気がします。